一般纳税人适用一般计税法、增值税税率、按月纳税申报和专用发票，而小规模纳税人适用简易计税法、增值税征收率、按季纳税申报。
一、计税方法
一般纳税人采用增值税一般计税方法，而小规模纳税人采用简易计税方法（例外：特定行业的一般纳税人也可适用简易计税法，主要是提供建筑服务的企业）。
一般计税法的公式为：应纳税额=（当期销项-当期进项）*增值税税率；
而简易计税法的公式为：应纳税额=当期销售额*增值税征收率。
二、税率与征收率
一般纳税人适用增值税税率，而小规模纳税人适用增值税征收率（例外：特定行业的一般纳税人也适用增值税征收率）。
增值税有16%、10%、6%三个税率，和5%、3%两个征收率，而正是因为销售额是包含利润的，所以征收率这个百分比比税率要小。
三、纳税申报周期
一般纳税人的纳税申报是按月，而小规模纳税人的纳税申报一般是按季度（例外：一些小规模纳税人也可申请按月纳税申报）。
四、增值税专用发票
一般纳税人可以开具和取得增值税专用发票，而小规模纳税人不能取得专票，如果需要开具专票也只能请税局代开（例外：2018年2月1日起，月销售额超3万的工业以及信息传输、软件和信息技术服务业的小规模纳税人可自行开具专票）。