(一)两者格式和记载的内容不同。
银行承兑汇票属于我国《票据法》规定的票据，国内信用证是《国内信用证结算办法》明确的结算方式，两者的格式都由人民银行统一规定，但具体内容大不相同。
(二)两者所体现的内在结算方式不同。
国内信用证体现的是单款对流的方式，银行承兑汇票体现的是货款对流的方式。在国内信用证项下的商品交易，卖方是凭单交货，买方是凭单付款。
(三)两者对各自项下商品交易的要求和约束不同。
虽然申请办理银行承兑汇票时，银行要求申请人提供双方交易合同，但不能保证申请人在获得银行承兑汇票后，真正用这张票去履行该笔合同。通常，银行在作出承兑后，不再去管汇票的流向和其实际的用途，只是到期负责支付汇票款项。
而国内信用证中的很多条款都是根据合同条款来缮制(开立)的，如对货物品质、数量，包装、装运期限等的要求，对代表物权单据的要求等，都要求卖方必须履行合同，生产出合同要求的产品，按规定的时间装运并取得相应的单据后，才可以办理托收，获得信用证项下的款项。
(四)两者的流转方式不同。
我国《票据法》规定票据可以通过背书的方式进行转让流通。银行承兑汇票由出票人签发，银行承兑后便可交给承兑申请人，由其自由转让。
而《国内信用证结算办法》第二条规定“信用证是不可撤销，不可转让的跟单信用证。”可见信用证(无论是电开还是信开)由开证行开出后就直接交给对方银行(通知行)，信用证在整个流转过程中没有流出银行系统，这样就可以有效避免信用证及相关单据被篡改变造的风险，保证收款的安全。