商业贷款和公积金贷款在利率上有区别，在办理审核、二套房贷款方面也有所不同。
区别一：贷款利率不同
商贷5年以上基准利率是4.9%，公积金贷款5年以上利率是3.25%。
区别二：贷款比例不同
同样一套房子，如果所在城市商业贷款是首套能贷7成，那么公积金贷款首套最多可以贷到8成。
区别三：贷款流程不同
申请商业贷款要在办理过户之前审核贷款，公积金贷款是在办理过户之后审核贷款。
区别四：审批时间不同
商业贷款批贷时间大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日。
区别五：贷款来源不同
商业贷款放款源主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缴费者缴纳的资金。
区别六：使用人群不同
商业贷款针对所有符合条件的社会公众开放，而公积金贷款则只对缴纳公积金的职工开放。
区别七：利息用途不同
商业贷款的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
区别八：审批机构不同
商业贷款主要通过银行审批，决定权在银行，公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
区别九：年限和额度不同
不同银行和不同城市公积金管理中心规定不同，一般来说商业贷款可以选择的还贷期更长，额度更高。
区别十：二套房不同
商业贷款对二套房贷的政策性限制更多一些，利率更高。而公积金贷款则受二套房贷的政策影响较小，同样可以享受优惠利率。