如果车主遭遇洪水，车被水淹了，保险公司是否赔偿，要看你的买的什么保险。如果有车损险，那么保险公司可以赔偿除发动机以外的部分，发动机要你自己掏钱修。如果有车辆涉水险，那么保险公司会给你赔偿发动机的损失。
不过一般出现以下情况，即便是在有保险的情况下，保险公司也是会拒赔的：
①车辆在涉水行驶过程中发动机熄火，因强行二次启动导致发动机进水损坏的，保险公司可以拒赔。
②明知积水严重还试图开车闯过去，并因此导致发动机损坏的，保险公司也不赔。
一般依据《保险责任》第六条规定：保险期间内，被保险人或其允许的合法驾驶人在使用被保险机动车过程中，因下列原因造成被保险机动车的损失，保险人依照本保险合同的约定负责赔偿：
1、碰撞、倾覆、坠落；
2、火灾、爆炸；
3、外界物体坠落、倒塌；
4、暴风、龙卷风；
5、雷击、雹灾、暴雨、洪水、海啸；
6、地陷、冰陷、崖崩、雪崩、泥石流、滑坡。