沪深股票代码区分。股票代码不一样。深圳证券交易市场的股票代码以000开头的是主板、3开头的是创业板，上海股票交易市场的股票代码是以6开头的，全部的上海股票都是主板，上海的B股股票代码为900开头，新股申购代码为730开头，配股代码700开头，深圳证券市场B股代码以200开头，新股申购代码以00开头，配股代码以080开头。
深圳证券交易市场和上海证券交易市场的交易场所不同，一个在深圳，一个在上海，这两个证券交易市场的构成指数也是有所不同的，上证指数是加权指数，深证指数是成份指数，上海证券交易市场和深圳证券交易市场新股申购基数单位不同，申购上海股票资金账户最低申购1000股，每1000股为一个基数单位，申购深圳股票一个资金账户最低是500股，每500股是一个单位基数。
深圳证券交易市场和上海证券交易市场最后15分钟的交易模式不同，上海交易市场没有竞价时间，深圳证券交易市场有竞价时间。