阿里巴巴和蚂蚁金服两者目前没有持股关系，但是有收益关系。
首先，马云团队是先创立了阿里巴巴，通过经过多年的努力，中间经过了日本首富孙正义的软银、美国雅虎等国际资本的投资，逐步发展成为国内第一，全球居前的电商巨头企业。
虽然马云团队以合伙人的制度依然控制着阿里巴巴的管理器，但是毕竟马云团队持股的比例并不高，阿里巴巴的最大的利润最大受益者是孙正义的软银、美国雅虎等国际资本，参考阿里巴巴在美国上市初期的IPO结构：软银集团持股32.4%、雅虎持股16.3%、马云7.8%、蔡崇信3.2%等。
也许是国内支付安全和监管的考虑，为了支付宝更好地发展，2009年和2010年，马云通过运作，先后两次共花了3.3亿元人民币将支付宝这块业务从阿里巴巴旗集团下剥离，并装入自己持股80%的浙江阿里巴巴电子商务有限公司，着力发展支付宝在国内支付市场。2014年10月浙江阿里巴巴电子商务有限公司宣布以其为主体创立了蚂蚁金服，并在此后的A轮融资和B轮融资中引入全国社保基金、国开金融、中国人寿（601628）、中邮集团等国家队，蚂蚁金服亦逐步形成支付宝、余额宝、芝麻信用、借呗、用呗等在国内影响深远的普惠金融业务。
所以，目前的阿里巴巴和蚂蚁金服实际上是没有持股关系的，但是当初马云将支付宝从阿里巴巴剥离时曾经签订过协议，规定支付宝在上市前需要每年向阿里巴巴“纳贡”支付49.9%的税前净利润，如果支付宝上市则还需要向阿里巴巴集团支付上市时总市值的37.5%，并规定不低于20亿美元，不高于60亿美元。