星际战甲指挥官切换在键盘上按5切出指挥官，需要做完内战和灵魂纷争任务。在内战之前，指挥官有两种形态，一种是在完成内战任务之前，这时候每次进入游戏都要等到能量条旁边的能量充满再按住5键才能使用指挥官的技能，这个时候的指挥官只是基础状态，我们只有在完成第二梦任务并且在没完成内战任务时才可以感觉的到。
星际战甲指挥官在内战之后，指挥官才算解锁一半了，这时候指挥官虽然可以在战甲外面自由移动了，但是却还是缺少了很多重要的技能。指挥官的走路状态也只有跳跃和前后左右的行走，还有一些和战甲一样的操作。在完成夜羽的任务步骤后，就可以发现自己的指挥官已经完全解锁了，这时候就可以选择专精了，并且所有的技能都可以通过填充专精来解锁并升级，会发现现在指挥官也可以携带武器。这时的指挥官在操作上并没有什么变化，只是所有动作都加上了技能效果。
星际战甲指挥官的八条特别操作第一是指挥官的隐身状态是无敌的，二是指挥官击杀不断隐匿击杀连击，三是指挥官在组队模式可以开启双人门，四是指挥官可以在小明四中与环境进行配合，五是突击辐射异常的力场可用指挥官击碎，六是呼唤指挥官可以刷新挂机判定，七是指挥官对诺娃的传送门无视，八为指挥官攻击S系敌人（包括大黑）可以重置它们的元素性质。