在六部中，仅次于吏部、第二重要的部门是户部。户部的职能并不像它字面意思那样只负责一个国家的户籍，相反，它的负责范围非常大，它管理着全国的财政、民政、人口户籍、国土资源、地下矿藏、海关、税收、审计，等等。
现代国家为了科学管理和精细化管理，会将收钱的、用钱的、审计的都分开，国内税收和海关关税要分开，国土资源和能源矿藏也要分开，甚至有些省份把煤炭之类的都单独分出来，成立专门的部门。但古代并没有这样的意识，只要和人有关、和钱有关的，全归户部管。
吏部的官吏有两百多人，但户部的官吏却有四百多人。吏部有四个司，户部有十四个司，在规模上完胜吏部。户部的十四个司不是按照具体业务划分，而是按照地域来分的，比如浙江司、江西司、福建司、湖广司、山东司、广东司等。每个司负责管理一个或者两个省的事务，同时兼管一项全国性的专门事务。
比如，浙江司除了掌管浙江的民政钱粮外，还负责统计全国人口和谷物；云南司兼管漕运粮食；贵州司兼管全国的海关和关税；江西司管理全国各地的协饷。"协饷"的意思就是，由于各个省份的财政收支情况不同，有的省份盈余，有的省份亏空，江西司就负责调剂盈余省份的钱粮去支援亏空的省份，这叫作协饷。广西司兼管采矿、铸币和内仓出纳；福建司兼管抗震救灾。只有一个司没有兼管事务，那就是山西司。山西司只负责山西钱粮，不兼管其他。
户部机构比较庞杂，除了主体业务司，第二部分就是一系列的行政辅助部门。清朝的户部有些特殊，它下设"八旗俸饷处"，清朝八旗子弟有"铁杆子庄稼"，可以按时领取口粮，由户部八旗俸饷处管理。户部"现审处"，负责审核八旗子弟的民政和财务诉讼，至于刑事案件，还是由刑部来审。户部还有一个特别的部门，叫作"捐纳处"，用现在的话讲就是专门负责卖官收钱的。历朝历代都在买官卖官，但不能直白地说。
清朝就说是老百姓报效朝廷，主动捐钱纳物，所以叫作"捐纳"。当然，户部也有清档房、司务厅、饭银处等部门。户部的饭银处，除了管理本部门的饭银和行政开支外，兼管向其他部门的饭银处拨款。等于说是，吏部饭银处需要到户部饭银处拿钱，再给吏部的官员发伙食津贴、行政费用等。
以上这两部分机构组成了户部的本部，户部还有一些附属机构，相对独立运转。第一个是"钱法堂"，相当于造币公司。钱法堂下面又设立了"宝泉局"，负责造币，宝泉局就相当于印钞厂。古代交通运输和通信不发达，所以并不像现代全国只有一个造币厂。要不然像云南、黑龙江这些边远省份，从首都千里迢迢运铜板过去，成本太高了。所以，清朝允许各个省自己造币，于是全国就有很多造币厂。
各省的造币厂一般叫作"铸币局"，由布政使主管，冠以省份的简称，比如浙江省铸币局叫作"宝浙局"、山西省铸币局叫作"宝晋局"，各局严格按照钱法堂的标准来铸币。这时候工部就有意见了，有很多工程，用钱量很大，大老远运输货币很麻烦，也要自己造币。朝廷也允许工部拥有造币厂，就地造钱，叫作"宝源局"（与户部的"宝泉局"并为"源泉"）。
户部还负责管理京畿地区的粮仓。南方的漕粮运到北京后，集中储存于京畿地区的各大粮仓，由户部管辖。户部委派一名侍郎主管此事，叫作仓场侍郎。仓场侍郎负责漕粮的到达、验收、运输、保管和发放等流程，驻扎在通州新城，下设有郎中、员外郎和各仓库监督等。
仓场是肥差，而且比较独立，几乎自成一个系统。现在的北京通州区到朝阳区，尤其是通惠河两岸，以前就是仓场系统的地盘。现在朝阳门附近的"南新仓"，就是清代的一个国家粮仓，主要给北京城八旗子弟发放口粮。
户部管理朝廷"三库"，一个叫银库，一个叫缎带库，一个叫颜料库。其中最主要的是银库，朝廷所有的钱都存在银库，要用钱，都通过银库来盘转。清朝后期，户部库银藏银维持在百万两级别，超过千万两就是少有的盈余了。缎带库藏的是缎带布匹，而颜料库保管的并不是颜料，而是各种杂料，比如家具、檀香、文具等。
各国进献贡品，部分也归颜料库保存。清朝往往会派一个大臣专管三库，叫作"管理三库大臣"。这个人选极为重要，当年和珅就干过这事。各库又分别有郎中、员外郎、司库，等等。清朝管理三库的所有官员都由满族人担任。
除了户部三库，还有内库和内户府六库。内库就是皇帝的私库，在紫禁城中，传说藏银至少一百二十万两，基数不动，以防万一。内务府六库藏的大多是皇家用物，比如内务府缎库也保存缎带布匹，但质量要大大优于户部的缎带库，因为这可是"御用品"。
内务府银库在紫禁城中的弘义阁，不藏银子，藏的是珍珠宝石，其中据传有两个手指头大的蓝宝石、果核一般大的金刚钻等；南薰殿的共库，藏的也不是茶叶，而是古今字画，琳琅满目。此外还有皮库、衣库、磁库，藏品都非同一般。六库归内务府广储司管理。