《塞尔达传说》水之神兽攻会出现一段剧情战斗，在战斗中，林克需要骑在佐拉王子身上，去接近水之神兽。穿上佐拉之铠，借助水之神兽身旁喷出的四道瀑布飞流之上(靠近瀑布时要按A)，腾空后在空中开弓，用闪电箭射击红光处的关键部位，射击四次。此时，水之神兽会放出冰块追击我们，需要开启结冰能力，在冰块飞击中我们前直接把它们击碎(对着冰块发动能力即可，其实就是射击卡)。成功射完四个部位后，进入水之神兽内部。
进入内部并不不太复杂，真正复杂的是进入神兽之后的机关操作，现在我们就详细的说说进入神兽之后的操作步骤。
首先，根据提示找到水之神兽内的地图。沿途会遇到一堆黑色物体，然后用弓箭射爆上面的眼珠就能让他们消失。进入大厅后，看到水池对面有一扇闸门，在水中用结冰能力早出冰柱，把闸门完全撑起来。进去后可以获得一张地图。然后再这个水池中有一个宝箱，可以用磁铁能力拉上来，打开后里面有一个古代螺丝。
接下来我们需要去开启水之神兽内部的5个控制机关。
第一个从机关需要从获得地图的房间出来，可以看到对面墙上有齿轮，下方水池里里有控制机构。用磁铁能力对准齿轮组的把手旋转，控制机构就升上来了。
第二个机关需要打开地图，把水之神兽的鼻子位置调整到举高的形态。然后水之神兽内部的水车就会转动。然后来到二楼，可以发现小水车内有一个控制机关，对准位置，用结冰能力把小水车旁边的水口给堵上，等小水车停，进去启动控制装置。当小水车转动时，可以乘上它的叶片，在最高点时跳出，然后滑翔到对面高台上，上面有个宝箱。
第三个机关需要从二楼出去，到三楼平台正对着的大水车。就在大车轮的轴上，有一个能量球，如果神兽此时的鼻子位置是从上往下第4格，那你在三楼平台看到的水车应该是逆时针转的。如果水车顺时针转动，那就调整一下鼻子的位置。控制机关的门打不开，必须等能量球掉入轴心的圆槽，门才会打开。此处一定要要看准时机：球在槽内，随水车转动即将滑向外圈，控制机关的门处于打开状态。此时用时间凝滞的能力锁住能量球。然后等水车转动，进入控制机构，启动它。
第四个机关首先必须保证大水车还是逆时针转的(此处可以先去从三楼平台上看一下，确保是逆时针的)。大水车的叶片上有个宝箱，宝箱中有10支火炎箭。先跳上小水车的叶片，再回头跳上大水车的叶片。看清宝箱的位置，在它的叶片经过之后，跳到下一个叶片上，顺着水车转动方向追上前一张叶片，就可以找到宝箱。拿到宝箱后，再次乘坐大水车，来到三楼的另一个平台，上面有一个守护者，直接杀掉。踩下平台上的按钮，水口会喷出一道瀑布，靠着登瀑布的能力走。沿着通道前进，可以看到神兽的鼻子。打开地图，然后把神兽的鼻子降到最低。沿着神兽鼻子走到头。可以找到宝箱，里面是古代的轴承。此时，再把神兽的鼻子抬起，至少抬到从上向下数第4格，更高也可以。靠着鼻子上的纹路稳住自己的位置，要根据鼻子的转动调整位置。鼻子转到位后，用滑翔伞跳下，在神兽头顶，有天窗可进。进入后，射击黑色魔物眼睛。再次转把手，把整个天窗完全打开。可以看到下方的控制机关被火柱包围。打开地图，操作神兽鼻子，放到从上往下数第5格，鼻子喷水正好能浇灭火柱，启动这个控制机构。在控制机构旁边，还有一个宝箱，是骑士之枪。
第五个机关在神兽的鼻子尖儿上上，来到神兽头顶。把神兽的鼻子放到最低点，从神兽头顶跳出，乘滑翔伞飞向神兽的鼻尖，落在鼻尖的喷水平台上。在这里就能看到控制装置了。慢慢抬起神兽的鼻子，配合鼻子的移动，调整站位，可以卡在控制装置背后的矮墙上。一直把神兽的鼻子抬到从上往下数4、5格的位置，可以很舒服得启动控制机构。