阴阳师：游戏中玩家扮演一名阴阳师，其职责就是退治妖怪；玩家角色与被其收服的式神可作为作战单位一同参与到战斗中。游戏中玩家初始角色为阴阳师—安倍晴明，其余角色则需要玩家到达一定等级时完成通关指定剧情才能解锁更换，下表是玩家可解锁使用的玩家角色。
安倍晴明—CV:杉山纪彰
平安时代强大的阴阳师，性格冷峻飘逸。拥有忠诚的守护式神—–小白，并先后结识了神乐、源博雅、八百比丘尼三位伙伴。
神乐—CV:钉宫理惠
贺茂家族的后代，单纯善良，具有通灵能力，后被晴明遇到带回庭院。
源博雅—CV:铃木达央
平安时代贵族，是皇室之后，同时也是一名武士；性格孤傲爽直，喜欢冒险与挑战。遇到晴明、神乐之后，便经常光顾庭院。
八百比丘尼—CV:泽城美雪
因误食人鱼肉不老不死，活了几百年的神秘巫师。占卜到晴明是可以解除诅咒之人，便一直居住在凤凰林中等待晴明等人的到来，后来便留在庭院。
御灵：御灵是阴阳师的守护者。不同的阴阳师角色拥有不同的御灵。御灵可为阴阳师带来额外的属性强化；御灵的等级越高，对其阴阳师的属性加成越大。阴阳师到达一定等级时会获得一个“御灵被动技能”；御灵被动技能就是阴阳师在战斗中如果受到攻击，该阴阳师的御灵有几率会对敌方全体进行反击，伤害值的多少取决于御灵的属性。御灵可以通过“吞噬”御魂来提升等级。
妖怪是《阴阳师》中的一种角色形象设定，这些角色均来自于日本文化中的经典妖怪形象，担任游戏中的反派角色，阴阳师的职责就是退治妖怪，妖怪被阴阳师收服之后则被称为“式神”，式神是阴阳师的作战单位。