发票存根联数据采集流程采集的发票金额，正常情况下就是录入发票的开票金额，也就是指开具发票的金额。但当出现发票本身存在问题，如真伪问题，或开票时流程错误，使电脑采集失败，这种情况下会造成存根联采集流程采集的发票金额与录入发票金额不符。
发票存根联数据采集申请及流程
发票存根联数据采集申请的方式有上门申请，网上申请，移动终端申请，自助办税终端申请。纳税人所需提交材料包括已开具增值税发票的发票联或金税盘、纳税盘。采集流程如下：
1、纳税人前往税务机关提交申请材料；
2、税务机关进行材料核对；
3、资料齐全，符合法定形式，填写内容完整，即时办结；
4、材料不全或有误时，税务部门一次性告知补正资料，纳税人再次提交，后流程同上；
5、材料核对结果不符合条件的，告知不予受理原因并退还资料；
6、结束。