持仓成本低于净值还亏的原因是，投资者在买卖基金时，需要收取一定的手续费用，而基金净值所带来的差价收益，比手续费用要低一些。
基金的手续费用主要包括申购费用、赎回费用以及基金的运作费用，其中申购费用在投资者买基金时，根据成交金额收取，成交金额越大，申购费率越低，成交金额越小，申购费率越低；赎回费用在投资者卖出时收取，其费率与持有时间成反比，即持有时间越长，其费率越低，持有时间越短，其费率越高。
基金运作费用主要包括基金的管理费、托管费以及基金销售服务费，它们均是按前一日基金资产净值的一定比例逐日计提，按月支付，是从基金资产中支付，无须向投资者另外收取。