《生化危机 安布雷拉历代记》故事开始
赛格尔·维德米尔在俄罗斯成功研制出以“T-ALOS”为基础的生物兵器。而同时间，安布雷拉内部的危机越来越重，资金链开始出现断层，业绩大幅下滑。斯宾塞希望该兵器能够卖个好价钱，以此来让安布雷拉获得重生。
2003年1月下旬，威斯克和吉儿、克里斯都得知了这一消息。三人前往俄罗斯。安部雷拉位于俄罗斯的高加索病毒工厂被捣毁。安布雷拉大势已去。
2003年5月，安部雷拉股票跌至冰点。与此同时，数十年来一直被安部雷拉所压制的另一家制药公司—-三联制药开始渐渐抬头，三联笼络了大量从安部雷拉辞职的研究员。之后安布雷拉宣布破产，美国政府承认安布雷拉的犯罪行为，并把所有责任都推卸给安布雷拉公司。全球的制药行业开始遭遇雪崩般的经济打击，民众不再信任制药业，其业绩和使之连日下滑。
暴君开始在黑市出现，有感于暴君的泛滥及制药业面临的困境，全球制药协会决定成立一个组织来处理这类事件。这个组织被命名为BSAA（生化恐怖防御与评估联盟）。创建者是11名来自社会各个阶层的精英，他们都在不同的情况下经历了生化病毒泄露事件。11名成员当中就有克里斯与吉儿。这个组织受联合国直接管理，因此可以在联合国缔约国内自由行动，总部设在英国。罪魁祸首斯宾塞下落不明。
2003年8月三联开始在全世界收购安部雷拉原来的制药基地。10月，吉儿与克里斯找到斯宾塞。但同时威斯克也抢在两人前面赶到。斯宾塞向威斯克坦露了他的身世，气急败坏的威斯克杀死了斯宾塞。吉儿和克里斯与斯宾塞展开搏斗，最后吉儿与威斯克一起跌落山崖，生死未卜。
2003年10月起BSAA在全球开始了大规模搜寻吉儿与威斯克下落的活动，但始终没有任何线索。
《生化危机4》故事开始
2004年5月22日美国总统女儿阿什莉·格林汉姆失踪。白宫得到线报，阿什莉极有可能在欧洲，白宫委派特别情报员里昂前往欧洲，寻找阿什莉·格林汉姆的下落。
在拯救的途中他发现阿什利的绑架者是一个神秘的宗教团体，名叫“Los Illuminados”（西班牙语：照亮的道路。勿与Illuminati混淆），教主是奥斯穆德·萨德勒（Osmund Saddler）。
利昂在村庄的房间救出了一个神秘男子路易斯·赛拉（Luis Sera），从他口中得知阿什利正在被关在村内的教堂二楼，就是这个时候村长比特罗斯·门德斯（Bitores Mendes）出现，利昂跟村长交手可谓不堪一击，利昂及路易斯都被击晕了。同时，奥斯穆德出现，并且在利昂身上注射了寄生体“Las Plagas”。利昂醒过来的时候在山谷的另一边，他跟路易斯避开村民的袭击后，路易斯便独自逃去。利昂回到村庄的教堂救出了阿什利，并且利用强大武器击倒了村长，于是离开神秘村庄，一心等待美国联邦派来的直升机，但是大量村民赶到，于是利昂带着阿什利进了一座古堡。
利昂跟阿什利遇上了堡主雷蒙·萨拉查（Ramon Salazar），堡主在地下矿场利用村民发掘寄生体Las Plagas并且供给Los Illuminados。在这期间，路易斯找到了能够协助利昂及阿什利解开身上的寄生体的药物及寄生体样本，原来他曾经是Los Illuminados的研究员，然而奥斯穆德·萨德勒却在关键时刻出现夺走了样本，并把路易斯杀害。其后利昂重遇了艾达·王，他在《生化危机2》后已经得知艾达是威斯卡（Albert Wesker）派来的间谍，所以他对艾达的再次出现充满怀疑，但被艾达逃去。利昂始终很关心这个埋藏在心中的女子。阿什利被萨拉查捉了及送到遥远的有军事设施后，利昂击倒了萨拉查后再次遇上艾达，埃达询问英俊的利昂需不需要送他一程，利昂以尴尬的表情回答。
利昂在孤岛上重遇据报在两年前直升机失事死亡的战友杰克·克劳萨（Jack Krauser）。原本他是Umbrella公司的威斯卡派了来到这里做卧底。
利昂成功抢救了阿什利并且逃脱。但是，艾达成功夺取了Las Plagas样品，可能使Umbrella公司势力再起。