艾萨克已经收集齐了“纽带”探针的零件。现在，他必须冒险深入那只庞大生物的冰冻尸体内，刺激它已经冬眠的神经路线。桑托斯认为这么做可以找到显示“远古机器”位置的信号。
回到研究所的路上诺顿船长显然已经吓破了胆，甚至想抢夺统一教的飞船逃跑，还以艾莉的安危作为借口。回到研究所后使用工具台组装并装备探针枪，这种武器可以发射带电的探针，攻击力与攻击速度均不可小视，先使用念力控制平台两侧的起重器将标本腔体打开。随后诺顿船长一脸不情愿的操纵着升降梯带领艾萨克进入了古生物腔体之中。
腔体中一片漆黑，需要靠着探针枪的蜂鸣声才能找到古生物的神经节点，之后发射探针进行定位。
定位后古生物会释放黑化的食尸鬼前来攻击艾萨克，使用静滞技能与探针枪可轻易将他们撕碎，找到三个神经节点后桑托斯发现了远古机器的位置，但是诺顿船长却起了异心，将艾萨克关在了升降梯中。使用念力控制旁边的操纵杆打开升降梯后一路追踪诺顿船长。
出门却被统一教主丹尼克所带领的部队所抓获，原来诺顿船长早已同丹尼克达成了协议，但是丹尼克却准备杀掉诺顿。好在卡沃尔奋起反击，扭转了局面，就在两边人马即将开战之际，一只巨大的变异体突然出现在众人面前。
BOSS的攻击方式分为四种：触手砸击、释放食尸鬼、释放触发炸弹、吸收，触手砸击可以通过翻滚而躲避，而食尸鬼可以使用静滞技能控制后杀掉，释放触发炸弹也可以打掉，之后攻击BOSS胸口的黄色肉瘤即可造成伤害。
而BOSS的吸收可以通过攻击BOSS口器上的肉瘤化解，反复两次可触发剧情，艾萨克还是被吸收进了BOSS的肚子里。
在BOSS的肚子里要攻击三个节点，使用静滞技能控制后使用榴弹攻击一次可灭掉一个节点，节点释放的小型怪可以远距离打掉，三个节点消灭后BOSS死亡。
执迷不悟的诺顿船长最终还想垂死挣扎，但是却被艾萨克所击毙（按E键），同时，艾萨克拿走了之前诺顿船长从他那里拿走的那半张艾莉的照片。