在Ubuntu下RDkit 的安装
1.到官网http://www.rdkit.org/下载 .tgz包。我下的是RDKit_2011_03_2.tgz（开始下了一个2012的，不好配置，所以没有安装上，从下了一个2011的版本）
2.解压后放到一个目录下：我的在/home/wo/software中
3.从“新立得”安装cmake,flex,bison,sqlite3,python_dev,pytohn_numpy软件包。
4.也从“新立得”安装boost包，有boost-python,boost-thread,boost-regex.
5.设置环境变量，在终端输入gedit ~/.bashrc 。写入：
export RDBASE=/home/wo/software/RDKit_2011_03_2.tgz
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib
6.在终端输入：cd $RDBASE
mkdir build
cd build
cmake ..(注意“..”)
7.完成后，继续输入make，之后输入make install 就装完了。
8.在build终端中输入ctest看是否安装完全。
测试：把化学分子的smiles转换为分子结构。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
def depict_pic(smiles=’c1ccccc1′,mol_name=’benzene’,size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
#mol_name =’/home/liuwei/’ + mol_name + ‘.jpg’
mol_name = mol_name + ‘.jpg’
Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)
if __name__ == ‘__main__’:
depict_pic(mol_name = ‘test’)
在python运行，如果有分子图片产生，说明RDkit安装成功。