财政差额拨款指我们国家管理体制中，划分出行政、事业单位、企业等几大块，国家机关的经费由国家财政预算拨款，即国家机关的所有经费全部由国家财政全额拨款。
而事业单位又根据事业单位的性质分为全额拨款、差额拨款、自收自支三种类型。一部分非营利性机构（如医疗卫生机构）属于差额拨款类型，差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。