1.标的差异：
相较沪港通，深港通下的港股通增加了，市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股，最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。与沪港通类比，深港通的标的不局限于A/H股同时上市，而将包含深市成分股，由于深市成分股与沪市有很大区别，这将丰富香港投资者的投资范围，但中国的高估值成长股能否得到香港投资者认同有很大悬念。
2.结算差异：
沪港通、深港通分开换汇、结算、清算、交收、申报等；冻结汇率相同，实际换汇不同。
3.前端操作：
客户前端区分沪港通、深港通进行分开交易操作：
4.不能交叉卖出，但资金可以交叉使用：
即使有同一股票，公司行为等也须分开独立申报。