1、缴纳费用不同。一档和二挡相差的费用和所在地区有关，二挡都要比一档贵一些，但是贵不太多，基本都在两百元之内，如果家庭条件允许，可以选择交二档费用。
2、保障范围不同。新农合将完善重大疾病医疗保障机制，以省为单位全面推开儿童白血病等20类重大疾病医疗保障工作。加快商业保险机构参与新农合经办服务，开展利用人均15元左右的新农合基金购买大病保险试点，加强新农合精细化管理。
3、享受待遇不同。在定点医院住院发生的符合统筹基金支付规定的医疗费用，按照一档标准缴费的报销比例分别为85％（基本药物为90％）、70%、55％，按照二档标准缴费的报销比例分别为85％（基本药物为90%）、75%、65％。