项目遇到过，发现mysql数据库密码被恶意修改，应用程序服务无法正常启动。实现了数据库root密码的修改，通过linux下的命令操作，步骤如下：
1、关闭数据库服务
service mysqld stop
2、切换路径至mysql安装目录bin下面，如：/usr/local/mysql/bin，执行如下命令：
/usr/local/mysql/bin/mysqld_safe –skip-grant-tables &
3、登录并修改密码
mysql -u root #本机loalhost登录无需密码
update user set password=password(“newpasswd”) where user=”root”;
flush privileges;
\q #退出
4、关闭mysql相关进程
ps aux | grep “mysql” #如果发现 –skip-grant-tables 类似的进程 找到其 PID kill掉
kill -9 PID
#有多少进程、删除多少，通常为2个
5、启动mysql服务
service mysqld start
备注：上述方法已经测试过，可行。